Năm 2026 được xem là thời điểm bản lề trong chính sách thuế đối với khu vực kinh tế tư nhân tại Việt Nam. Việc chính thức xóa bỏ thuế khoán và chuyển sang cơ chế tự kê khai, tự nộp đã đặt các phòng khám nha khoa trước một yêu cầu mới: không chỉ làm tốt chuyên môn, mà còn phải làm chủ dòng tiền và tuân thủ pháp lý một cách bài bản. Đây không còn là câu chuyện của kế toán hay cơ quan thuế, mà là vấn đề sống còn trong chiến lược phát triển dài hạn của mỗi phòng khám.
1. Từ “ước lượng doanh thu” sang quản lý doanh thu thực
Trong nhiều năm, phần lớn phòng khám nha khoa hoạt động dưới mô hình hộ kinh doanh với thuế khoán. Doanh thu thực tế cao hay thấp không còn là yếu tố quyết định trực tiếp đến nghĩa vụ thuế.
Từ ngày 01/01/2026, theo Nghị quyết 198/2025/QH15, cách tiếp cận này chính thức chấm dứt. Doanh thu giờ đây được xác định dựa trên:
- Hóa đơn điện tử
- Dữ liệu thanh toán
- Hồ sơ kế toán và sổ sách
Điều này buộc các phòng khám phải theo dõi doanh thu theo thời gian thực, thay vì tổng kết cảm tính theo tháng hay theo năm như trước.
2. Ngưỡng 500 triệu đồng: ranh giới quan trọng trong năm 2026
Một thay đổi mang tính “giảm áp lực” là việc nâng ngưỡng doanh thu không chịu thuế lên 500 triệu đồng/năm. Tuy nhiên, con số này đồng thời trở thành ranh giới pháp lý quan trọng.
Phòng khám cần lưu ý:
- Doanh thu dưới 500 triệu: không phải nộp thuế GTGT và TNC
- Doanh thu vượt 500 triệu tại bất kỳ thời điểm nào trong năm: phát sinh nghĩa vụ kê khai từ thời điểm vượt ngưỡng
Điểm đáng chú ý là việc vượt ngưỡng không chờ đến cuối năm, mà được xác định ngay khi doanh thu cộng dồn chạm mốc. Điều này đòi hỏi bác sĩ chủ phòng khám phải nắm được dòng tiền hàng tháng, thay vì giao phó hoàn toàn cho kế toán.
3. Phân nhóm doanh thu và tác động đến mô hình vận hành
Theo chính sách thuế 2026, các cơ sở kinh doanh được phân thành nhiều nhóm doanh thu khác nhau. Mỗi nhóm kéo theo một cách tính thuế và chế độ kế toán riêng.
Với nha khoa, sự phân nhóm này ảnh hưởng trực tiếp đến:
- Quy mô sổ sách kế toán
- Tần suất kê khai thuế
- Mức độ kiểm tra, thanh tra từ cơ quan thuế
Càng tiến lên nhóm doanh thu cao, phòng khám càng cần chuẩn hóa quy trình nội bộ, từ quản lý vật tư, nhân sự đến lưu trữ hồ sơ bệnh án.
4. Thuế GTGT: ranh giới giữa điều trị và thẩm mỹ ngày càng rõ
Một trong những nội dung khiến nhiều phòng khám băn khoăn nhất là thuế GTGT đối với dịch vụ nha khoa.
Nguyên tắc áp dụng năm 2026 vẫn giữ tính nhất quán:
- Dịch vụ khám chữa bệnh cho con người: không chịu thuế GTGT
- Dịch vụ thẩm mỹ thuần túy: chịu thuế GTGT 8%
Tuy nhiên, điểm then chốt không nằm ở tên dịch vụ, mà nằm ở hồ sơ chuyên môn. Cùng một kỹ thuật Implant hay phục hình răng, nhưng:
- Có chỉ định phục hồi chức năng: không chịu thuế
- Ghi nhận vì mục đích thẩm mỹ: có thể bị áp thuế
Điều này khiến bệnh án nha khoa không chỉ mang giá trị y khoa, mà còn là căn cứ pháp lý trong quản lý thuế.
5. Hóa đơn điện tử không còn là thủ tục hình thức
Từ năm 2026, việc lập hóa đơn điện tử trở thành yêu cầu bắt buộc, kể cả với các dịch vụ không chịu thuế GTGT.
Hóa đơn điện tử giúp:
- Ghi nhận doanh thu hợp pháp
- Tạo sự minh bạch khi quyết toán thuế
- Hỗ trợ phòng khám khi làm việc với bảo hiểm, ngân hàng hoặc đối tác
Quan trọng hơn, việc không lập hóa đơn – dù bệnh nhân không yêu cầu – vẫn có thể bị xem là vi phạm nghĩa vụ thuế.
6. Lựa chọn mô hình hộ kinh doanh hay doanh nghiệp: bài toán dài hạn
Với các phòng khám có doanh thu tăng đều, năm 2026 là thời điểm cần nghiêm túc xem xét việc chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp.
Lý do không chỉ nằm ở nghĩa vụ thuế, mà còn ở:
- Khả năng khấu trừ chi phí hợp lệ
- Cơ hội tiếp cận chính sách ưu đãi
- Uy tín pháp lý khi mở rộng quy mô
Đặc biệt, chính sách miễn thuế TNDN 3 năm đầu cho doanh nghiệp y tế mới thành lập tạo ra “khoảng thở” tài chính rất lớn để tái đầu tư công nghệ và nhân sự.
Kết luận
Thuế 2026 không làm phòng khám nha khoa khó tồn tại hơn, nhưng chắc chắn sẽ khiến những mô hình quản lý lỏng lẻo bị đào thải. Ngược lại, các phòng khám sẵn sàng chuẩn hóa sổ sách, đầu tư hệ thống quản trị và hiểu đúng luật chơi sẽ có lợi thế rõ rệt.
Ở góc độ tích cực, đây là thời điểm để nha khoa tư nhân Việt Nam bước sang một giai đoạn phát triển chuyên nghiệp, minh bạch và bền vững hơn.